Au début des années 70, deux jeunes étudiants brillants et rebelles, Francis Doyle (Emile Hirsch) et Tim Sullivan (Kieran Culkin), s'opposent au régime débilitant gouvernant leur école. Malgré l'ennui, la poussé des hormones, les enseignants indifférents et les parents déconnectés, ils cherchent à donner un sens à leur existence. Doué pour le dessin, Francis noircit ses cahiers de notes de personnages de bandes-dessinées de son cru, partageant avec Tim cet univers imaginaire où s'affronte le bien et le mal. À la tête des forces du mal siège la revêche Soeur Assumpta (Jodie Foster), une religieuse à la réprimande fréquente et insistante. Elle confisque un jour les cahiers de Francis, lançant les deux garçons dans une quête de vengeance qui va changer leurs vies.