Un groupe secret de scientifiques a découvert l'emplacement de la célèbre cité perdue d'Atlantis, mais ce n'est pas sur Terre. Elle se trouve dans une autre galaxie, la galaxie de Pégase. Stargate Atlantis, une série dérivée de la très populaire série Stargate SG-1, suit un groupe scientifique et militaire multinational, dirigé par la diplomate Dr Elizabeth Weir (interprétée par l'actrice Torri Higginson), qui se dirige vers Atlantis pour un voyage sans retour. Leur mission : enquêter sur les secrets d'Atlantis, une cité maintenant connue pour avoir été construite par d'anciens êtres puissants, et ramener tout ce qu'ils découvrent sur Terre. Ils seront seuls, sans moyen de retour, sans moyen de secours ou de soutien, à moins de trouver la technologie nécessaire à leur retour sur Terre dans Atlantis.
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